人体的免疫力受到身体和精神两大因素的影响。修习瑜伽能促进身体的血液循环和淋巴循环，帮助白血球找到“目标”预防炎症。此外，由于在修习过程中身心能够得到深度放松，免疫系统能更有效地产生足够的白血球。如果身体的能量用于处理压力(产生「作战或逃避」反应)上，那么免疫系统的效率就会降低。

　　一个人的行为、情绪，甚至心理状态都和内分泌腺体有直接关联。当内分泌腺体释放太多或太少某些激素到血液中去时，人的身心健康就会受到不良影响。瑜伽练习帮助调整这些腺体的活动，给予这些腺体的轻柔按摩和刺激，从而防止内分泌系统工作情况失常，保持健康状态。

　　瑜伽练习凭着对重要的内分泌系统(脑下垂体、松果腺、甲状腺，等等)产生有利的影响，来保持身体健康。例如，消化腺体分泌出帮助消化食物的液体，这些液体从各个腺体传送到胃部和肠脏。内分泌腺体没有这些管道，它制造的化学物质是直接分泌到血流之中，血流顺次又把这些化学物质送到全身各部。

　　瑜伽练习不仅帮助人保持一个健康的神经系统，还能帮助作用发挥得不够正常的神经系统恢复正常的功能。瑜伽练习对于神经系统所起的奇妙效果确实难以尽言。例如，通过经常正规地做瑜伽练习，能使交感神经系统和副交感神经系统平衡起来。这意味着受这两个系统影响或支配的各个内脏器官不会活动亢盛或不足。